[SoulSide]

Других вариантов как установить Linux по новой не вижу.
Но:
1. Оставить существующий hdd на котором стоит система (этот hdd будет третьим), но отключить этот hdd и удалить машину;
2. Создать машину по новой;
3. Создать два виртуальных hdd диска;
4. Первый hdd диск отдать под систему, свап и.т.д, а второй hdd отдать под var, предварительно настроив при установке.
5. После установки, в свойствах, подсоединить третий виртуальный hdd и перенести с него необходимые данные.