[Dodj16]

Добрый день.
Да davinci, все возможно:
1. В таблице Shortcut отредактируете поле Directory для нужного ярлыка. В вашем случае нужно использовать ProgramMenuFolder.
2. Проверить наличие записей относящихся к settings.ini в таблицах IniFille и File.
В случае, если ini разноситься через таблицу IniFille, то вам проще будет редактировать параметры ini файла непосредственно в msi файле - потребуется меньше телодвижений с вашей стороны. Если же в таблице IniFile отсутствуют записи, касающиеся settings.ini, или же таблица вообще отсутствует, тогда находите в таблице File ваш ini файл и отмечаете его, как Noncompressed в поле Attributes. Сохраняете ваш mst и ложите актуальную версию settings.ini рядом с msi-кой.