[opel431]

Пробовал через вашу программу это реализовать, чёто не получалось, только через редактирование файла конфигурации. »

Ну, так попробуйте: пишите DotNet3.5 со своими ключами и DotNet4.0, со своими. И ГЛАВНОЕ не забудьте поставить для них взаимное исключение.