[kaster]

Russo, что значит имеют вид?

1000205275 1000223812 1000238288 4474 1000031760 227334 1000014533 1000010159 1000042383 »

никаким видом тут не пахнет. где общая черта содержимого этих файлов? например 1, 2,3 строки начинаются на 1000. или 4 строка обязательно 4значное число и т.д.

хотел сделать с циклами методом перебора »

по другому никак. все равно перебирать.

но понял что с массивами быстрее и проще »

не быстрее, и уж точно не проще, раз спрашиваешь

и еще вопрос, как отразится на скорости работы если в файлах будет 1000 строк, или 5000?? »

ответ очевиден - чем больше строк, тем больше время выполнения.
вобщем, сформулируй окончательно задачу предоставив как можно больше инфы.
а то, я например понял так. нужно просто проверить файлы на идентичность. если файлы идентичны, сделать действие. если нет, пропустить или сделать другое действие.