[AlexE2009]

Похоже нашел решение своей проблемы
nLite здесь точно не причем, потому что потом заметил такую проблему и интеграции обновлений вручную...
Всему виной был KB971486 - Устранение уязвимостей в ядре Windows- http://support.microsoft.com/?scid=kb;ru;971486
При интеграции этого обновления дистрибутив становится неработоспособным.

Не добавляю его в список интеграции и все проходит нормально

Странно, как его интегрируют через различные Update pack'и он везде включен в список, и никто не жалуется...