[Andre123123]

Земляк, попробавал как вы сказали, поставил в начало кода root (cd):
root (cd)
kernel /paragon/vmlinuzp splash=silent vga=0x314 language=ru_ru.utf-8 medialable=paragon
initrd=/paragon/initrd.gz
Задержка осталась без изменений. Как раньше так и сейчас, при этой задержке перестают работать мышь и клавиатура, пока не запустится программа, видимо пока идет распаковка, хотя при установке из bcdw это не наблюдалось. Т.е остался вопрос каким лучшим образом запускать программы из-под isolinux.

Ускорение загрузки решил не популярным методом с помощью bcdw, т.е в корень диска добавил папку с загрузчиками bcdw, папку isolinux с загрузчиком isolinux.bin.
В команде указал bcdw (cd)/bcdw/bcdw.ini, а в самом bcdw.ini прописал саму команду как было и раньше, только поставил MenuTimer=1. В результате меню bcdw.ini даже не успевает появиться на экране и нормально запускается программа, но это получается бутерброд с добавлением лишних файлов.