Разметка диска под Linux
 

Вопрос: снижается ли быстродействие при выделении отдельных разделов под рут, юзер, домашний каталог и т. д.? Т. е., когда на жестком диске больше разделов, чем обычно, в том числе расширенные, это снижает быстродействие?

Скорее повышается, особенно, если разделы на разных жёстких дисках.

У меня разделы linux на одном. Второй жесткий диск есть, но я ему не очень доверяю, старый. Поэтому засунул туда второй своп.
А имеет ли смысл выделять или наоборот не выделять раздел конкретно под usr, если приоритетом является быстродействие? И как правильно расположить своп, если у меня на первом разделе диска виндоус?
Boot - root - swap - usr - home
или
boot- swap - root - usr - home
или
swap - boot - root - usr - home?

swap-root-home и остановись на этом. :read:

Второй жёсткий винт рекомендую вообще убрать - медленные устройства ввода/вывода тормозят всю систему в целом.