Самая простая - максимальный размер раздела, разный размер кластеров. На пример FAT16 поддерживает размер до 2Гб, FAT32 до 2Тб а FAT12 до 16Мб (если не ошибаюсь). Вызвано это адресацией в FAT12, FAT16 и FAT32 соответственно 12, 16, 32 бит.
FAT12 используется на флопи-дисках. FAT16 в старых виндах (до OSR2), FAT32 в OSR2 и выше.
Существенный вопрос - о потерях пространства на винчестере при использовании FAT16 или FAT32 из-за разных размеров кластеров.
Вообще то эта тема слишком обширна для краткого изложения, на www.ixbt.com-е явно будут доки на эту тему.
Если что ни будь конкретное интересует - пиши :)

Спасибо очень помог. Благодарен.