Можно ли обновить винду с флешки?
 

Можно ли установить винду с флешки в режиме Восстановление?! Какие могут возникнуть проблемы?
И какие именно файлы сохраняться во время восстановления системных файлов?!(посмотрел на других форумах,но там написано только тоже что и на сайте майкрософт по большому счету) и какие соответственно на всякий случай перенести на другой раздел диска?!!

С флешки можно все то что и с болванки, разницы в функционале нет.

А насчет Обновления?! Был опыт,что удаляется?!

Никогда не пользовался обновлением, только чистая установка.

установка в режиме Обновление запускается с больной системы , запуском setup.exe . можно с папки с распакованной системой , можно с носителя и моно с смонтированного образа . загрузочный носитель тут не нужен .
сохранится всё , используется мастер переноса файлов и параметров .

Мне самое главное что бы сохранились настройки программ! Сохранятся ли?!

Если таким образом, то нет.
Запускайте установку с уже загрузившейся системы.

всё сохранится . недавно сына систему ( куча прог , игр ) из Windows 7 SP1 Ultimate обновлением превратил в Home Premium . всё в норме и работает .даже драйвера не слетели .