Установка ПО только Администратор сервера
 

Объясните будьте добры. Установив службы терминалов на 208r2, а далее установив будь какую программу на сервере я получаю ее в списке меню Пуск-Все программы на всех остальных пользователях терминалов, это так должно быть?
Установка программ - это архиватор и файловый менеджер, который пользователям терминала никак не нужен в обозрении Пуск-Все программы

Каким образом нужно устанавливать ПО на сервер, что бы оно не попадало сразу в учетки других созданных пользователей?

Лицуха на устройство стоит если это важно.h

Ой-ой, пока новичок, не все еще понимаю, я тут зашел удаленно под созданными ранее пользователей, который были созданы для терминального доступа (добавлен в группы только терминальный доступ) и увидел, что я имею административный доступ, то есть вижу в пуск-все программы параметры сервера, конечно требуется подтверждение администратора (пароль) но все же, эти параметры не должны быть доступны пользователю терминалов, где прокололся?

Так и должно быть. Запреты делаются либо руками, либо групповыми политиками. По умолчанию (для пользователей) очень больших отличий от работы на локальном компьютере нет.
Программы ставьте через установку и удаление программ - там есть пункт установка на сервер терминалов (как-то так, не помню навскидку). Особенностей администрирования ТС хватает, можно для начала глянуть на technet

1. Вынесите иконку нужной программы из Start -> All Programs (C:\ProgramData\Mirosoft\Windows\Start Menu\Programs) в свой личный старт. Это просто иконка.

2. Наличие иконки не означает наличие административного доступа, это фантазии.