Можно ли назначить автозапуск программы на область уведомлений?
 

Чтобы при автозапуске её значок отображался только в области уведомлений. У меня Win7.

Если такой возможности нет в настройках программы, то придётся повозиться.
Теоретический способ: устанавливаете Min2Tray, RBTray, 4t tray minimizer free или какой-то ещё аналог, который может свернуть в трей любое приложение при нажатии "Свернуть" или как-то ещё. Далее, возможно, вам придётся запускать программу через автозагрузку в свёрнутом виде, возможно, внимательно смотреть настройки всех этих программ, возможно, вам поможет bat-файл.