Подскажите программу для офлайнового редактирования автозагрузки.
 

Есть программы которые позволяют редактировать реестр не запущенной винды, с помощью них конечно можно вычистить RUN и в папке автозагрузки вручную удалить ярлыки , но может быть есть специальный инструмент который несколько облегчит задачу ?

а для чего такие сложности?

Можно использовать что то типа ERD Commander, и, загружаясь с него, редактировать реестр.
Можно, предварительно выгрузив куст реестра, отредактировать его на другой машине.