Какой программой можно проверить заражена ли сеть?
 

Я помню как то проверял то ли авастом ли то ли авг. Это хороший способ или есть лучше?

Сеть не может быть заражена - это провода, в них нет носителей информации. Заражены могут быть участники сети, например компьютеры, сервера, шлюзы - они проверяются своими антивирусными средствами, среди которых те самые авасты и АВГ, и сотни других. Выбор антивируса лучше/хуже - предмет постоянных холиваров. Среди лидеров можно выделить продукты лаборатории Касперского и Др.Веб. Выбор исключительно за вами.

Да в то то и дело что некоторые не проверятся. Когда проверял своим авастом/авг он писал что сеть заражена

Тогда обращайтесь в раздел по лечению заражения. "Сеть заражена" - это общая фраза, не имеющая никакого конкретного смысла.

youp, этот способ лучше, чем ничего, однозначно.
Вообще, в рабочей сети лучше ставить корпоративные версии антивируса, где есть централизованная консоль.