Похоже что раздел с загрузчиком записался не на тот накопитель
 

При установке Windows не спросила меня куда я хочу разместить 100мбайтный раздел(с меткой "Зарезервировано системой"), если я не ошибаюсь там загрузчик должен быть, сейчас увидел что он находится не на том же накопителе где установленна система. Можно ли как то его перенести на нужный? И можно ли как то при установке выбрать его расположение?

Она никогда не спрашивает... :)
Можно... из-под лайва... например в Paragon... объедини оба раздела... и присвой букву....
а на будущее - не создавай системный раздел из-под винды....

Видимо, MBR. Тогда так (ОС не имеет значения): http://www.oszone.net/10752/move_Windows7_boot_files

Дальнейшие вопросы направляйте в http://forum.oszone.net/thread-303799.html после выполнения инструкций в шапке.