Где apache хранит сообщения?
 

Сообщения типа "Apache is functioning normally" можно заменить на что то свое?
И если да, то в каком файле рыть.

А кем и когда выдается данное сообщение? Если сообщение выдается самим демоном httpd - то в его исходниках, с пересборкой, соответственно.

Во время смены DNS серверов при входе на сайт выводится такое сообщение.
А кем оно выводится не знаю ((