Не стартует ipsec и другие службы.
 

После удаления вируса возникла проблема - не стартуют службы dhcp, dns, ipsec, infrared mon, server, zero connection, workstation. С ошибкой "не удается найти указанный файл" не стартуют afd, irda, ipsec driver, netbt и ndis usermode. tcpip "не может запустить дочернюю службу". При этом afd.sys, tcpip.sys, lsass.exe присутствуют и совпадают размерами с эталонными. Подскажите, где копать?

Akka, Ipsec.sys есть?
Сделайте проверку целостности системных файлов.
А также посмотрите эту тему (похожий случай, в принципе).

Собственно, все файлы, на которые впрямую ссылались службы были на месте. Вылечилось тупо копированием system32, system32\drivers с первой попавшейся системы. Но хотелось бы знать, как можно выяснить, чего же именно нехватало?

Вместо тупого копирования надо было сравнивать каталоги и копировать нехватающие файлы по одному
Теперь уже ничего не найдешь (

Это понятно. Вопрос в другом - есть ли способ выяснить в такой ситуации какой файл отсутствует, штатным или сторонним средством?

Частенько помогает event log - там может быть указано какой именно файл не найден.
Также неплохо бывает включить протоколирование загрузки и поизучать bootlog.txt

Лично я делаю следующее:
1. Захожу в реестр и удаляю следующие ключи WinSock и WinSock2 в HKLM\System\CCS\Services.
2. Устанавливаю протокол TCP/IP заново (ведь мы его удалили с реестра). Сетевые подключения\Свойства\Установить\Протокол\Установить с диска\(с:\windows\inf)\Протокол интернета TCP/ip.
3. Reboot.
И все работает.
Помогает во многих глюках с сетью (обычно после вирусни и некорректно удаленного сетевого софта).

при похожей ситуации не хватало C:\Windows\System32\drivers\NDIS.sys