Вопрос по перезаписи файлов в приложениях
 

Подскажите плз, как можно перезаписать существующий файл с конфигурацией (к примеру из папки $OEM$... в папку Program files\имя программы)

воспользуйтесь данной статьей http://oszone.net/2243

Эту статью я читал...
Меня интересует как сделать так, чтобы с:
$OEM$\$1\Install\Opera\
файл с ссылками, название которого идентично тому, которое лежит в
%systemdrive%\Program Files\Opera\defaults
Так вот, я спрашивал как можно перезаписать данный файл при исполнении RunOnceEx.cms?

Скорее всего, это только батником можно сделать. Что-то вроде этого:
где /y
Устраняет выдачу запроса на подтверждение перезаписи существующего конечного файла.

По желанию AutoIt, VBScript.