Как выполнить экспорт логинов.
 

Нужно перенести логины с одного 2003 на другой 2003. По сути нужно просто перенести структуру групп, т.к. логины доменные. Я думаю это можно сделать скриптами, но как? Может есть готовые скрипты?

Почитайте, например, эту статью

Что значит "перенести логины", которые по сути "структура групп"? Ты хочешь перенести все настройки контроллера домена или только Active Directory (группы, пользователей и компьютеры, GPO и т.п.)? Если первое - то ntbackup и сохранение состояния системы, если второе - Microsoft Active Directory Migration Tool (ADMT).