Цитата http://www.opennet.ru/man.shtml?topic=apt-get&category=8&russian=0

update
update используется для повторной синхронизации файлов описаний пакетов с их источником. Описания доступных пакетов будут получены из источников, указанных в /etc/apt/sources.list. Например, при использовании архива Debian, эта команда разыскивает и просматривает файлы Packages.gz, таким образом становится доступной информация о новых и обновлённых пакетах. Перед upgrade и dist-upgrade всегда должно выполняться update. Пожалуйста помните, что индикатор прогресса показывает не точную информацию, поскольку размер файлов пакетов заранее не известен.
upgrade
upgrade используется для установки новейших версий всех установленных пакетов системы из источников, указанных в /etc/apt/sources.list. Будут разысканы новейшие версии установленных в настоящий момент пакетов и произведено обновление; ни в коем случае не будет удалено ни одного установленного пакета или установлено нового пакета, не имеющего уже установленной в системе предыдущей версии. Текущие версии установленных в настоящий момент пакетов, если они не могут быть обновлены новыми версиями без изменения статуса других пакетов, будут оставлены в неизменном виде. Для того, чтобы apt-get узнал о существовании доступных новых версиях пакетов, данной команде должна предшествовать команда update.