Удалять ли программы перед переустановкой Windows XP
 

Поточней - в связи с чем переустанавливаешь?

Те программы которые работают без инсталляции-оставляешь. Все остальные сноси, т.к. все равно работать не будут. Лучше до переустановки.

Ситуация такая. Некоторые программы, используют для хранения своих настроек файлы ini — в этом случае программа запустится, а некоторые успользуют еще и ключи в реестре, в этом случае после переустановки ОС прога не заработает так как реестр будет уже другой. Тут зависит что за программы. К примеру офис у тебя не запуститься это точно. Если у тебя есть дистребутив этих прог то для верности лучше их удали, потом снова поставишь. А другие оставь а вдруг и запустятся. Помни некоторые проги держат свой ini файл в каталоге windows (например, Opera сохраняет свои на стройки в файле opera . ini ).

В зависимости от обстоятельств винду можно переустановить восстановлением. При этом программы не пострадают. Под восстановлением я подразумеваю запуск с дистрибутива установки винды и после того как она найдет установленную винду нажать "r". Системные файлы будут восстановлены, реестр поправлен. Правда потом необходимо немного зачистить реестр.

Мне кажется, были такие программы, которые позволяли сохранять приложения вместе с ключами из реестра, чтобы потом не было необходимости их переустанавливать. Никто не знает таких программ?

Есть такие программы, но на сколько я знаю они в основном шароварные, да и список поддерживаемых ими программ не такой уж и широкий.

Кстати, что Вы понимаете под переустановкой? Просто обновление текущей версии (через автозагрузку) или переустановку с полным удалением предыдущей версии Windows?
В первом случае удалять программы не нужно, хотя есть такие, которые не смогут запуститься и при такой переустановке.
А во втором случае конечно лучше почистить их. Я, к примеру, у основных своих прог, где много настроек, вручную из реестра ветки сохраняю, что б потом без гемороя.

Не напомните чайнику - после нажатия R дальнейший процесс реанимации идет автоматом или нужно будет подавать какие-то команды в ком. строке?

Процесс восстановления происходит без какой-либо командной строки.