Добрый день!
В некоторых программах вместо Fixedsys выводится какой-то другой шрифт, более мелкий и неудобный. Сам Fixedsys физически присутствует на компе. Систему уже переустанавливал, не помогло. Глюк мелкий, но достает изрядно. Что делать?

Конкретно в каких программах? А настройку оформления десктопа не меняли случайно? Если меняли - то поставьте для начала стандартную виндовс

Например, BlitzIn.
Настройки оформления десктопа не менял, дело в чем-то другом.