А можно ли автоматом разбить диск под винду!
 

Создал диск автоустановки винды, хрюшка профессиональная. Винда ставиться на два логических диска, так как подрузамевает разделение на программы и данные, то есть диск с: (ntfs) - это %windir% и %prog%, диск d: содержит папку с профилями.
Новые машины приходят соответсвенно с пустыми дисками, можно ли предусмотреть в диске автоустановки функцию разбивки диска на партиции?

не посредственно в самой автоматической инсталяции с CD такого сделать нельзя .
(IMHO не додумка самой M$, интерфейс пользователя/функциональность есть, а автоматически использовать нельзя).
Но можно поступить немного по другому.
Делаем пункт загрузки, загружаемся в ДОС, разбиваем автоматом диск на заданные партиции, форматируем в FATх и запускаем инсталяцию. Как отформатировать в NTFS не первый диск, народу узнать не удалось. Либо тот кто узнал не хочет признаваться :(.
Еще один вариант это использование WINPE для форматирования и инсталяции.