что это за приложение и чем оно занимается в 2000Server жрёт 50% ресурсов и вешает сервак ( сервер контролер домена)

MMC - Microsoft Management Consol
технология, позволяющая управлять системой.
к примеру если ты запускаешь Start - Control panel- Administrative tools - Computer Management, то стартует MMC-остнастка (Snap-in) "Computer Management"...
можно создать свою консоль с необходимым набором Snap-In-ов. для этого делаешь Start - Run - mmc, затем Console - Add/Remove Snap-in...

большинство серверных приложений сейчас управляется именно через ММС-оснастки.

поэтому посмотри каким серверным приложением управляешь

Со своего рабочего места запускаю управление компьютером и подключаюся к серверу и юзаю его, после этого он "йог"

Dron
серверу плохо или твоей рабочей станции?
можно попробовать подключить только нужные тебе оснастки и проверить какой будет загрузка в этом случае.

Полохо серверу он начинет болеть и всё это заканчивается перезагрузкой, а перегружать сервер в рабочее время это .....

Dron
я сейчас у себя промоделировал, основная нагрузка на сервер идет при обращении к логам сервера (EventView)
поэтому создай новую консоль, включи в нее нужные оснастки к примеру "Управление пользователями", "Сервисы", "Общие папки"...

проверь у себя, на чем именно тормозит.

как вариант - подключайся к серверу терминалом и запускай все MMC-шки на нем