Нужна программа которая : автоматически в заданное время
обменивается файлами с сервером по модемному  соединению.

Сервер Windows 2003.

Программа должна контролировать целостность передоваемого файла.

Желательно в случае обрыва что бы работала докачка.

Заранее спасибо за любые конструктивные идеи.

1) Если Вы хотите коннектится с сервером, то на нем надо подымать Dial-Up сервер. Етих вопросов куча в эхах.
2) По самой передаче вот как реализовано у меня:
Отрабатывается следуюющая задача:
а) Есть центральный офис, который находится в обласном центре (г. Курске). Связан с инетом по радиОкАналу 11Mbit (restricted to 256kbit) и имеет real IP.
Через FireWall при помощи PortMapping'a, на свет божий выведены порты, с внутренних Почтового и FTP серверов.
б) Есть филиалы раскиданные по райцентрам, райнецентрам и просто грязным дыркам.
в) В качестве единой базы експлуатируется программа 1C Предприятие (глаза бы мои ее не видели). Стоит задача 2 раза в неделю сбрасывать копии баз предприятий в головной офис (Для контроля сколько и чего с[3.14]здили наши дорогие колхозники).
г) Как это решается.
- Раз в день (точнее ночь) когда часы бьют 12 и золушки шляются на тыквах,
любимая прога nnCron вызывает батник, который вызывает WinRAR, который архивирует каталог 1sbbdb, который содержит базы 1С (в доме который построил не Джек). Win RAR, архивирует с максимальным сжатием и шифрует, режет все это удовольствие на тома по 40k + добавляет инф. для востановления. Общий размер Архива около 6-7M. О выборе размера тома скажу позднее.
- Программа sendfile, из командной строки, отправляет всю эту мототень как электронную почту прямиком на сервер.
- У клиентов в качестве оборудования доступа чего только не стоит. Но главные виновники торжества, это Модем обыкновенный и GPRS Модем.
Ну с модемом все ясно и описывать сей способ самоудовлетворения уважаемым коллегам я не буду.
GPRS не так распостранен и выбран вот почему:
   1) Пока халявные цены на связь 600 р в месяц.
   2) Такая же халява на оборудование, Siemens C60 это вам не Courier и не тем более Zyxel Серии U.
   3) В некоторых деревеньках GSM Есть, а телефона нет :). (Гы Гы).
- При перегрузке GSM Узла доступа (В просторечье это СОТА), связь падает ниже некуда, порядка 500 байт/с.
 (При свободном узле, при ftp закачке, скорость достигала 5 Kбайт/с).
 По логам на SMTP серваке было выяснено, что размер письма в этом случае колеблется около 50k. После чего связь рвется.
 Из-за Base64 кодирования размер письма увеличивается с 40к до 55к, что нам и надо.
д) Однако почтовый протокол не идеален (не поддерживает докачку и обладает большой избыточностью).
е) Из протоколов которые:
  - Легки в реализации.
  - Поддерживают докачку и аутентификацию.
  - Возможна операция синхронизации.
  - Полно серверов и клиентов.
  - Ведутся шикарные логи.
  - Мультиплатформенны.
  - Не надо открывать вагон портов, трахаться с именами, бдить за безопасностью (и вобще SMB гуано для этого).
  - VPN при таком канале это занятие не для слабонервных, да и не к чему оно мне.
  - Опробовано десятилетиями.
  - И вообще для этого и создавалось.
Все это про FTP. :)