есть две подсети, соедененные через роутер. мне нужно из одной сети работать с 4001 портом на машинах другой подсети, а на роутере это блокируется, как обойти?

самый правильный вариант - настроить роутер,
иначе - смотри в сторону создания туннелей.

подсети локальные?
есть ли доступ к машине в другой подсети и какая ОС на этой машине?

подсети локальные, в 90% случаев операционная система WXP pro corporate edition. подсеть1 - та из которой надо управлять портами подсети2. из подсети1 есть доступ к подсети2, из подсети2 подсеть1 можно только пропинговать. мне поставлены такие условия. врядли дадут их изменить.

поставь HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\controlset001\services\tcpip\parameters\ipenablerouter равным еденице и настрой для подсетей route table.