В w2000server можно настроить Firewall .
Может кто подскажет как это сделать

Ручками. Нужные порты оставляешь открытыми, ненужные закрываешь. Аналогично с IP-шками.

вообще встроеного фаервола там нет, есть фильтры пакетов но настраивать их это полный гемор да и функционал у этой штуки никакой, лучший выход это установить нормальный Фаервол, самый нормальный на мой взгляд Microsoft ISA Server 2004, можно найти чтонибуть попроще, все зависит от того насколько большая сеть и какие функции выполняет сервер.