Cmd скрипт - ждать до появления файла, после чего закрыть приложение
 

Каким образом можно сделать скрипт который будет ждать до появления файла после чего закрыть приложение с оределенным именем.

Только зациклить с timeout'ом внутри.

А какова глобальная цель?

Для запуска специальной программки в случае обновления файла.

clop1000, тогда это не самый удачный выбор (даже если Ваш файл обновляется несколько раз в сутки).