Вопрос по Bitlocker
 

А подскажите если я зашифрую диск битлокером, то как в таком случае система поведет себя в отношении флешек - будет ли требовать шифровать их тоже при записи на нее или у меня останется возможность юзать флешки без обязательного шифрования?

Не будет. Будете работать как обычно.
Битлокер будет применен только к диску который хотите зашифровать.