Диск FAT32, созданный в 2000 sp1, не виден установщику Win98.
 

Так должно быть, или какой-то глюк? FDISK определяет как неизвестную файловую систему.

Затрите первый физический сектор диска любым дисковым редактором, оно затем при установке всё правильно отформатирует.