Как заставить скачаный скрипт работать и вообще, можно ли это сделать? Скачал его 3wGet-oм, он вроде FTP поддерживает. Вношу в скрипт данные, а при запуске он открывает не окно с результатами, как на родном сайте, а все тоже окно для ввода данных. Может я неправильно качаю?

Позвольте узнать, а что за скрипт?
Если java на стороне клиента - то да, можно поковырять код и настроить под себя.
Если это PHP - настроить не сможете, т.к. скачать исходный код скрипта невозможно - пользователь получает только результат его работы (сгенеренный html код).

Пусть вы даже скачали этот скрипт на PHP (скажем из каталога скриптов). В таком случае вам понадобится интерпретатор этого языка который моженет обработать исходный код скрипта. В зависимости от работы, выполняемой, скриптом может понадобиться еще и web сервер.