разъем видеокарты
 

Впрочем такое дело что пришлось переставить видеокарту во второй разъем ( материнка Asus M5A97 LE R2.0) , но я заметил что во втором разъеме меньше контактов , что они дают и на что это влияет?

Влияют на производительность - ниже пропускная способность.

M5A97 LE R2.0 Характеристики

Это если смотреть сухие цифры спецификаций. Если же смотреть живые тесты, то разница в производительности между x4 и x16 хоть и есть, но не во всех играх, не на всех видеокартах, не в любых режимах, не такая уж и значительная, почти в пределах погрешности, так что скорее всего вы её никогда не заметите. Пример один из многих https://www.overclockers.ru/lab/6774...mart-2015.html
Наглядно это можно представить, как если бы очень толстый человек пробует пройти в огромные ворота авиационного ангара (x16) - ему это удается без проблем и ещё запас остался. А потом он же пытается пройти в обычную дверь (x4). Он заденет плечом косяк, может оторвет пуговицу на рукаве, но тоже пройдет без особых проблем.

Я погуглил и нашел тип разъемы PCIe 2.0 x16 PCIe 2.0 x8 PCIe 2.0 x4 , а что значит PCIe 2.0 x16 (х4)? ну и я так понял есть у меня будет 1060 6g то потери будут 1-5 фпс?

Alcoholism, А почему первый слот не задействуете?

То и значит, что разъем типа PCI-Express x16, но в силу конструкционных ограничений чипа/мат.платы и т.п. работает только как x4, либо может работать как x4 или как x16 в зависимости от наличия/отсутствия видеокарт в соседнем аналогичном слоте.

Екран иногда чуть "плыл" я гуглил говорили попробовать поменять местами , было лень как-то , но тут в такой игре как дота 2 тоже упал сильно фпс , перерыл много вариантов ничего не помогает , переставил видеокарту вроде как норм , но еще толком не протестил.