Перенапривить нужные каталоги на раздел HDD
 

Есть ли возможность перенаправлять каталоги пользователей типа Рабочего стола и Загрузок на выделенный раздел их жесткого диска через GPO? Как вообще отучить людей не хранить ничего на рабочем столе кроме ярлыков?

Запретить запись на рабочий стол пользователям.

Можно, начать смотреть нужно с этого.
Только два варианта либо всё создавать, либо ничего не создавать. Есть третий, но он только для варианта перенаправления папок на сервер с Win Server 2008 и выше.

r00tkid, вменяемого способа как скрипт по шедулеру у пользователя я не вижу)
скрипт перемещает папки и файлы с рабочего стола в назначенный раздел, и заменяет на рабочем столе их ярлыками.

Я такой скрипт использую на файловых серверах для чистки файлопомоек "важных" папок пользователей.