Сначало хотел задать этот вопрос на форуме по Software, но потом подумал, что лучше здесь
Я не понимаю, как в SmartFTP закачать на сайт папку целиком, приходится создавать все папки вручную, и только потом закачивать в них файлы, но это естественно не удобно
Я знаю, в CuteFTP такое проходит, можно любую папку закачать, может я что неправильно делаю??

Обязательно SmartFTP надо? FAR'овский FTP клиент сам создает все папки и пересылает все файлы сразу просто по F5, как и в обычной файловой системе - используй его и никаких проблем:-)