Для чего некоторые программы вставляют этот комментарий?

Компьютерный форум OSzone.net (http://forum.oszone.net/index.php)

- Вебмастеру (http://forum.oszone.net/forumdisplay.php?f=22)

Например Macromedia Dreamveaver MX всегда вверху страницы вставляет такой коммент <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Или бывают похожие. Я раньше думал, что они так, ни на что не влияют. Как теперь выяснил, они оказывается препятствуют некоторым возможностям форматирования. Так вот, какой в них смысл, лучше ли их удалять, и можно как-нибудь сделать так, чтобы в MD они по умолчанию не появлялись?

А вы сходите по ссылке, там есть информация :).

По поводу надобности - то они нужны, но лучше писать что-то типа <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

Если имеется ввиду Macromedia Dreamweaver, то там есть в папке configuration/documenttypes/newdocuments ... там все типы создаваемых файлов в шаблонах ...