Суть проблемы состоит в том чтобы при обрашении к дисководу система (Win98) могла видеть только один файл с определенным именем.
Т.е. необходимо написать прогу которая будет скрывать все остальное. Каким методом это лучше сделать???

Hard
Написанием драйвера.
Во всех остальных случаях задолбаешься закрывать обходные пути. Пример для исправления - filemon с sysinternals.com