как узнать была ли запущена программа через ярлык в автозапуске или напрямую?

Никак

Anet256
Наводящие мысли для систем NT:
1) у них может быть разный родительский процесс.
2) у них может быть разный каталог по умолчанию.

Это необходимо проверить и сделать соответствующие выводы.
Не забывая про надежность такого алгоритма.

Спасибо, хоть мучаться не буду