Очень странный глюк, впервые такой встречаю((
 

bgh

usbdrive, В какой формате звуковая дорожка в проблемном файле?

Кодека для аудио нет. Его нужно установить, узнав формат звуковой дорожки :)

МР2, нормально все. А какими плеерами в Win пробовали открывать?

usbdrive, k-lite codec набор full поставьте. Предварительно удалите предыдущую версию, если она имеет место быть.

Да, оно.

Может быть звук отправляется на встроенный S/PDIF или HDMI выход. Но с другой стороны странно, что при конвертировании видео в другой формат проблема остается (это уже больше похоже на проблему сплиттера/декодера)
На примере PotPlayer:
* В разделе "Кодеки и фильтры" можно включить встроенные фильтры обработки аудио.
* Также посмотрите в настройках Кодеки и фильтры/Сплиттеры. Там можно переключить форматы MPEG со встроенного на внешний.
* Кодеки и фильтры/Аудиодекодеры> в целях эксперимента поменять встроенные на внешние, или наоборот.
* Еще много интересного в разделе "Аудио", в частности рендер и вывод.
* Динамики - попробуйте 2.0 стерео (если выбраны другие)

Во время воспроизведения файла в системном трее может появиться значок сплиттера. Если есть такое - можно поглядеть, что в нем.

Если сам файл не конфиденциальный - я бы с интересом посмотрел как он декодируется у меня, как конвертируется в другие форматы, чем он отличается от обычных mpeg. Также если есть, образец mpg файла, который нормально воспроизводится.

Второй загадочный момент - Вы говорите на одной и той же машине, на двух разных системах (Windows и Linux) в одном файле нет звука, а во всех остальных есть, и при этом "проблемный" файл отлично звучит на другом компе, верно?
Что у Вас в диспетчере устройств>звуковые... устройства?

usbdrive, а если загрузиться с liveCD как вариант?

Может быть, вот поэтому:
Надо разобрать это видео на само видео и звук, а потом свести обратно.