Дефрагментация папки по расписанию
 

Есть ли такая возможность (устроит стороннее ПО)

Contig. В качестве расписания используйте Планировщик задач.

Mancoffee,
Вы можете воспользоваться так же этой программой. Выбрать определенные файлы или папки и сохранить в профиль, а дальше с помощью командной строки запустить программу, где profile - сохраненный вами профиль, со списком файлов и папок.