Как мне поставить глобальный хук на клаву но убрать его с определенного окна (окно из моего приложения)?
А вообще нужно заблокировать ввод с клавиатуры у всех приложениях кроме моего.

Почему мы бы в хуке просто не смотреть через GetForegroundWindow твоё это окно или нет. У меня так знакомый учил Windows Media Player по пробелу паузиться (т.е. если ща активен медиа плеер и нажали пробел, то шлём вместо пробела Ctrl-P.)