Меняю настройки php.ini но они не работают
 

Зашел на сервере в /etc/php5/cli отредактировал php.ini

увеличил это:

max_execution_time = 60
max_input_time = 60

В консоле ввожу команду и получаю вот что:

root@site ~ # php -i|grep max
[eAccelerator] This build of "eAccelerator" was compiled for PHP version 5.3.3-7+squeeze3. Rebuild it for your PHP version (5.3.3-7+squeeze18) or download precompiled binaries.
log_errors_max_len => 8024 => 8024
max_execution_time => 0 => 0
max_file_uploads => 200 => 200
max_input_nesting_level => 64 => 64
max_input_time => -1 => -1
max_input_vars => 1000 => 1000
post_max_size => 800M => 800M
upload_max_filesize => 200M => 200M
mysql.max_links => Unlimited => Unlimited
mysql.max_persistent => Unlimited => Unlimited
mysqli.max_links => Unlimited => Unlimited
mysqli.max_persistent => Unlimited => Unlimited
session.gc_maxlifetime => 1440 => 1440

Почему max_execution_time и max_input_time не изменились после перезагрузки сервера? Куда копать?

/etc/php5/cli
есть подозрения что вы для php запускаемого из командной строки поменяли настройки.

php-cli игнорирует Обходить это предлагают функцией set_time_limit() в самом скрипте.
Имхо вообще не имеет смысла в CLI.

Так, то что в самом скрипте использовать я разобрался сет тайм лимит, а как все такись донастроить сервер под нормальную работу?