2 сети на одном компьютере
 

На компьютере установлена Windows 7
Он включен в рабочую группу, в этой сити получает интернет и подключается к серверу через удаленный рабочий стол для работы с 1С
Необходимо этот же компьютер подключить к другой сети для работы с базой 1С без использования их интернета, при этом сохранить все функции для работы с основной сетью.
Как правильно настроить обе сетевые карты?

Так, как требуется в каждой конкретной сети. Адрес, маска.

дело в том, что в каждой сети IP динамические и судя по всему схожие

MattCutts, так, схожие или из разных диапазонов? Никто вам не запрещает настроить статику именно на этом компьютере или прописать привязку IP-адресов по MAK-адресам сетевых карт компьютера на DHCP-серверах.

во второй сети роль DHCP сервера играет DSL модем ))

И что вам мешает настроить то же самое на нём?