Системный диск не нулевой
 

В системе два харда. Один SATA - системный и IDE с данными. В BIOS -> Hard disk boot priority все правильно, система грузится без проблем.
В Управлении компьютером системный SATA не нулевой, а первый. Подскажите как изменить?

И что?

Зачем менять то, что нормально работает? Чтобы не работало? Так контроллер раскидал диски по порядку при опросе, на работу не влияет.

Говорят, меняется в реестре, если что
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices

Собираюсь переставить систему. Предполагаю что при установке могут возникнуть проблемы.

Вы неверно предполагаете.

Все нормально будет. Но на всякий случай перед форматированием пропиши в autoexec.bat
И при удалении раздела смотри внимательно на размер (если, конечно, не собираешься ставить новую поверх старой).