при переходе с Linux(Ubuntu) на Windows
 

при переходе с Linux(Ubuntu) на Windows, windows удаляет все что было создано на дисках после последнего включения windows и возвращает все что было удалено, включая не системные диски, учитывая что системные я вообще через Линукс не трогаю

Все, разобрался - Windows, если перед сменой системы не выключать комп, сохраняет данные о файлах. Поэтому надо выключать комп перед сменой системы, а также стоит в ближайший визит в Windows запретить ему как либо вхдить в Гибернацию, так как Windows 8 входит в гибернацию при выключении.