mkvmerge GUI портит файлы
 

убираю всё лишнее с помощью этой программы из mkv контейнера
и некоторый файлы при просмотре некоторое время отключаються
смотрю на blu-ray проигрывателе(домашний кинотеатр)
и ещё вопрос если похожие программы

Посмотрите здесь:
http://www.videohelp.com/tools/secti...e-multiplexers

Также сверху на том сайте есть другие категории, поищите в близких по значению.