Каким способом запретить чтение реестра определённой программе?
 

Каким способом запретить чтение реестра определённой программе?

Используйте портативную версию этой программы

Портативные версии тоже обращаются к реестру

Не все

запускать её от имени другого пользователя, которому запретить нужные куски реестра.

Никак.
Модель безопасности Windows определяет в качестве Security Subject только пользователей, но не программы.

Запрет на чтение реестра разве есть в групповых политиках?

Как вы можете прокомментировать пост cameron по его совету возможно реализовать мой вопрос

Зайдите в "Редактор реестра" и назначьте разрешения, какие Вам нужны.

во-первых есть, а во-вторых вы не указали что это сделать через ГПО, а не на одной локальной машине.

Она сказала то же самое, что и я — придётся регулировать доступ по пользователям, не по программам.