Удаленный вход+выход закрывает приложения
 

Запускаю какую-нибудь программу. Затем захожу удаленно.
Программа работает.
Далее... Завершаю удаленный сеанс.
Повторно захожу.

И... Ни одной работающей прогаммы. (((

Это нормально?

Или можно настроить, чтобы программа продолжала работать даже после завершения удаленного сеанса?

Когда сеанс завершается - завершается и запущенная программа. И это абсолютно нормально. Можете выходить через панель подключений, то есть просто нажать на крестик и закрыть, тогда программа будет работать дальше, но при этом сессия останется открытой.