После переустановки ОС новая копия тормозит.
 

Через некоторое время после установки начало происходить сильное замедление работы системы. Помогало только использование функции восстановления системы. Чем это может быть вызвано? На диске есть сбойные сектора.

сами ответили на свой вопрос.

Да, но их число стабильно и программа chkdsk при повторной новой проверке не обнаруживает новых.