В виртуальной машине видно одно ядро процессора
 

2003 r2 x64 standart edition в xen-овой виртуалке на i3 540 с гипертрейдингом. При етом в ксене виртуалке выделено 2-а ядра. В диспетчере устройств они реально отображаются(2 шт), но в диспетчере задач ядро только 1-о, и все апишные функции типа GetSystemInfo GetLogicalProcessorInformation выдают что ядро 1-о в какую сторону копать?

thebas, видимо, HAL однопроцессорный (один и второй способ замены).
Какой HAL должен (может) быть на виртуальной машине, затрудняюсь сказать.

P. S. Отредактируйте, пожалуйста, название темы в соответствии с пунктом 3.19 Общих правил.