Ошибка при компиляции
 

Постоянно вылазите надоедливое окно. Что необходимо прописать в скрипте что бы он не задавал эти вопросы?

Мне кажется ничего не пропишешь ... это окно вылазит в ответ на события, которые по мнению системы, являются сбойными. Может, что-то при завершении программы проходит не так как должно быть...

Единственный совет это проверить все функции, "функции" ... которые срабатывают при завершении приложения и сразу напрашивается вопрос - какого приложения, что этот скрипт делает ?

Я так понял это из-за ошибки во время компиляции.
WinAPIEx.au3(125,35) : ERROR: _WinAPI_RegFlushKey(): undefined function.
If Not _WinAPI_RegFlushKey($hKey)

AutoIt3Wrapper ругаеться на WinAPI при том что стандартный компилятор молчит.

Скачай последнюю (3.2) версию WinAPIEx.au3 и замени ней старую.