Апгрейд операционной системы на контроллере домена
 

Ситуация такая.
Когда в нашей организации создавали локальную сеть, то домен сделали, как поддомен головной организации, а потом канал связи между сетями отключили. То есть, мой сервер с головным связи не имеет.

По причинам организационного характера на сервере сделали downgrade операционной системы до Windows 2000 Server. Однако сейчас по причинам технического характера вернутся к Windows 2003. Тем не менее, создавать домен заново не хочется - в том числе потому, что "когда-нибудь" может опять появиться связь с головной организацией.

Как лучше в такой ситуации поступить?
Сделать переустановку ОС с обновлением версии?
Или установить на виртуальную машину Win2003, ввести в домен и передать роли, а потом установить Win2003 на сервер и вернуть роли обратно?
Главное - сохранить связь (точнее, её возможность) домена с основным "лесом" и связь клиентов с доменом.

Могут ли возникнуть какие-нибудь проблемы? Особенно, которые нельзя будет решить простым восстановлением бэкапа.

У Вас сейчас просто домен второго уровня, фактически.
И не надо. Upgrade ОС ни на что повлиять не должен. Второй контроллер домена должен быть - однозначно.
В принципе - самый безопасный вариант.
Всегда можно организовать доверительные отношения.